Bir ara asker kaçaklarının sayısı askere yeni alınanların sayısını kat be kat aşınca, Mustafa Kemal paniğe kapıldı ve bu işin önüne geçilmesi için gereken tedbirlerin alınmasını emretti. Bu tedbirlerin başında İstiklal Mahkemeleri geliyordu. İstiklal Mahkemeleri, kanunla kuruldukları için yasaldılar ancak yargılama usulleri açısından hukuk dışıydılar. Üyeleri, Meclis içinden seçiliyordu, ancak savcı hariç hiç biri hukukçu değildi.
Kapılarının üstünde ‘İstiklal Mahkemesi Mücadelesinde Yalnız Allahtan Korkar” yazan mahkemeler verdikleri kararlardan sorumlu değildiler, ancak cezaların gecikmeden infazından sivil ve asker bütün bürokratlar sorumluydu. Kararın verilmesi için delile gerek yoktu. Sanıkların avukat tutmaları çok nadir bir durumdu, zaten ne buna vakit vardı ne de bu görevi üstlenmeye cesaretli avukatlar.
Kararlar hâkimlerin vicdani kanaatine göre verilirdi ve temyiz edilemezdi. Verilen cezalar (ve idamlar) derhal infaz edilirdi. Kararlar o kadar acele ile alınır ve yerine getirilirdi ki, yanlışlıkla başkasının yerine idam edilenler bile olurdu. İlk dönem İstiklal Mahkemeleri insanların askerden kaçmasını engellemeye çalışırken, ikinci dönem mahkemeler ise “devrim” adı verilen uygulamaların yerleşmesi için çalışıyordu.
Bilhassa kılık kıyafet ve şapka devrimleri adı altında insanlar kemalist diktatörlüğün boyunduruğu altına alınmaya çalışıldığında, İstiklal Mahkemeleri halkın üzerinde tam bir terör estirdiler. Mahkeme heyeti üyelerinin anılarından ve resmî belgelerden açıkça görüldüğü gibi İsmet İnönü ve Mustafa Kemal’le doğrudan temas halinde çalışan bu mahkemelerde esas olarak 1925’de Şapka Kanunu’na karşı çıkanlar, 1926’da Atatürk’e suikast teşebbüsünde bulunanlar ve İttihatçılık davası güdenler, saltanat ve hilafeti geri getirmeye çalışanlar, komünist örgütlenmelere katılanlar, yolsuzluk, casusluk, hükümete muhalefet suçlarına katılanlar vb. olmak üzere yaklaşık 7.500 kişi yargılandı, bunların yaklaşık 3.280’i çeşitli cezalara çarptırıldı. Toplam 660 kişi idam edildi.
Başlangıçta süresi iki yıl olan bu İstiklal Mahkemeleri 4 Mart 1929’da hukuken sona erdiler ancak 31 Temmuz 1922’de çıkarılan İstiklal Mahkemeleri Kanunu ve ekleri, 1949 yılına kadar yürürlükte kaldı. Böylece İstiklal Mahkemeleri, tüm tek parti diktatörlüğü boyunca halkın üzerinde terör estirmeye devam ettiler.
